מכון המקדש הקים את בית הספר הראשון ללימודי המקדש מאז חורבנו. בית הספר נועד להכין את הציבור לקראת חידוש עבודת בית המקדש. בית הספר יכשיר את המשמשים בקודש - בעיקר כהנים ולוויים, את מורי ההוראה ואת שאר שכבות הציבור.
בראש בית הספר יעמוד הרב הלל בן שלמה, אשר ידיו רב לו בעיסוק בהלכות הקודש והטהרה ובהלכות הכניסה להר הבית בימינו הלכה למעשה.